Με βάση το πρόγραμμα, το αεροσκάφος από Αθήνα για Λήμνο αναχωρεί κάθε πρωί στις 5:45 το πρωί και κάθε βράδυ στις 21:15 εκτός Παρασκευή και Κυριακή που αναχωρεί στις 22:10.
Από Λήμνο για Αθήνα το αεροσκάφος αναχωρεί καθημερινά στις 7:00 το πρωί και το βράδυ στις 22:30, εκτός Παρασκευή και Κυριακή που αναχωρεί στις 23:25.
Οι πρωινές πτήσεις όμως έχουν προκαλέσει αντιδράσεις στους επιβάτες, αφού όπως αναφέρουν είναι άκρως απαγορευτικές για όσους δεν έχουν δικό τους μεταφορικό μέσο, αφού θα πρέπει ή να πληρώσουν ταξί για να βρίσκονται στο Ελευθέριος Βενιζέλος ή να περάσουν όλο το βράδυ τους εκεί, περιμένοντας την ώρα αναχώρησης.
Αντιδράσεις όμως υπήρξαν και για τις βραδινές πτήσεις της Παρασκευής και Κυριακής, αφού στην πρεμιέρα της πτήσης, την Παρασκευή 1 Ιουλίου το αεροσκάφος έφτασε Λήμνο με 1.30 ώρα καθυστέρηση με αποτέλεσμα η επιστροφή του στην πρωτεύουσα να γίνει ξημερώματα Σαββάτου.
